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关于云平台试用记录贴 [复制链接]

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我要运行的多为分子进化种群遗传模拟运算类软件,举几个例子
Beast1:http://beast.bio.ed.ac.uk/
BEAST2: BEAST Workshop in Applied Phylogenetics
PAML: Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)
MEGA: MEGA :: Molecular Evolutionary Genetics Analysis
PHYML: ATGC PhyML
Jmodeltest:http://www.molecularevolution.org/software/phylogenetics/jmodeltest
RDP: http://web.cbio.uct.ac.za/~darren/rdp.html
Dnasp:http://www.ub.edu/dnasp/

在云平台虚拟机12核32G内存,这些软件并没有提高运算效率
相反的,效率低于PC。目前正申请HPC中,,,
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2#

想问下台式机的配置是怎样的?
有具体cpu主频、型号等相关配置的参数可供参考吗?
云平台虚拟机都是在物理节点的基础上虚拟出来的,这中间经过虚拟化层,是会有一定的性能折损的。
最后编辑liuy 最后编辑于 2016-01-29 14:44:47
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回复 2楼liuy的帖子

这是处理器参数,上传图片失败了,放云盘了。https://yunpan.cn/cxSGqAQg9duEy  访问密码 a489
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回复 3楼xiayh17的帖子

根据提供的参数来看,与我们的物理机1/2差不多
(我们物理机单节点为2颗12核的E5-2692核心,总24核)。

在物理机与虚拟机同配置(都是12核)的情况下,虚拟机性能是会比物理机差一些。
一方面是因为虚拟机增加了一层虚拟硬件层,运行在虚拟机上的应用程序在计算时是运行在Hypervisor虚拟的CPU上的;
另外是由于程序本身的特性导致的差异。因为虚拟机的cpu架构可能不同于实际cpu架构,而程序一般针对普通cpu架构做的所优化措施,对于虚拟化环境可能不生效。

所以您也可以通过申请更高核数、内存的虚拟机来尝试提高运算效率。
最后编辑liuy 最后编辑于 2016-02-19 17:03:12
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回复 4楼liuy的帖子

谢谢您的解答。
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