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生物计算与个性化医疗应用服务平台介绍 [复制链接]

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银光图片
平台介绍
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世纪是生命科学的世纪,本平台旨在利用国家超级计算广州中心的天河二号超级计算机和完善的技术支持,促进我国生命科学的研究发展。本平台支持横跨合成生物学、分子生物学、细胞生物学、基因组学、生物信息学、生物医学、进化生物学和系统生物学等多个生命科学相关学科的研究,支持多尺度和多物理模型的模拟及耦合计算,帮助用户分析和处理来自生命科学和健康医疗领域的海量数据,可进行数字人体研究、生物工程、农业生产、微生物、生物大分子的结构模拟与功能预测、药物设计和筛选、蛋白质结构预测及相互作用网络分析、蛋白质序列分析、基因调控网络功能分析、基因序列分析和比对、SNP变异检测、疾病与基因关联分析、外显子与转录组的研究、医疗健康大数据的分析和信息挖掘等多种分析与研究。通过各种数值模拟方法的运用,以及对医疗卫生数据和生物信息数据的整合、分析挖掘,为我国的公众卫生健康、个性化精准医疗和相关学术研究提供技术支持和保障。


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平台软件

目前本平台已部署和适配了一批分子生物学、生物信息学和生物医学相关的分析研究软件,其中包括NAMDBLASTTinkerGromacsModeller等开源软件,各软件详情可见列表。后续本平台将继续部署和适配更多生物相关分析研究软件,丰富软件种类

分类软件名称版本免费开源/商业软件功能特点
生物医学Chaste3.3免费开源组织
生物医学OpenCMISS0.3免费开源组织、器官
生物化学COPASI4.15免费开源生物化学
细胞生物学CellSys5.0免费开源细胞
生物信息学shapeitv2.r790免费开源序列比对
分子生物学cp2k 2.6.0免费开源分子结构
生物信息学impute 2.3.2免费开源序列比对
分子生物学Gromacs 4.5.3, 4.6.3, 5.0.1, 5.0.4, 5.0.4-MIC免费开源模拟粒子体系的牛顿运动方程
分子生物学Lammps 14-Feb14, 1Aug13, 25Sep14, 9Oct14, 9Oct14-MIC免费开源分子动力学和自由能模拟
分子生物学Tinker7.1.2免费开源生物分子动力学计算
分子生物学Modeller9.14免费开源蛋白质结构预测
生物信息学BWA 0.5.10-MIC, 0.7.10免费开源序列比对
分子生物学Nwchem6.5.0免费开源分子动力学和自由能模拟
分子生物学 NAMD2.9, 2.10-CVS, 2.10-MIC免费开源生物分子动力学模拟
生物信息学BLAST 2.2.30免费开源相似性序列比较和分析

平台发展

本平台目前围绕生物信息数据分析、药物设计筛选和医学大数据分析挖掘开展重点建设。

1. 目前已测试部署了生物信息分析平台GALAXY,该平台是由美国宾夕法尼亚州立大学和约翰霍普金斯大学联合开发的基于Web的开源分析平台。其集成了大量生物信息分析工具,功能强大且支持二次开发,并可个性化定制分析工作流,为用户提供简单易用的生物信息分析界面。该平台已在天河二号上进行部署并开放测试,并可根据用户反馈和需求进行调整,对于需求较大的用户,还可进行定制化部署。

2. 与中山大学药学院合作研发药物创新大数据公共服务平台,该平台包含如下服务项目:

化学结构数据库查询与管理

基于配体的药物虚拟筛选

基于高频优势片段的药物设计与发现

基于WEGA的药物重定位与靶标探索

3. 通过与多家用户单位合作,目前本平台已汇聚了一批与生物信息和医疗卫生相关的科学大数据,并建立了基于MPIHadoopSpark的混合大数据分析平台,通过将高性能计算与云平台相结合的云超算模式实现集数据采集、存储、分析、挖掘和应用的一体化方案,并确立了以天河二号作为信息灾备系统及数据分析中心的业务模式。

最后编辑guogx 最后编辑于 2015-12-04 14:39:18
本主题由 版主 guogx 于 2015/12/4 14:40:00 执行 主题置顶/取消 操作
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建议部署amber,charmm等老牌分子动力学软件
以及一些量化软件
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关于云平台试用记录贴

我要运行的多为分子进化种群遗传模拟运算类软件,举几个例子
Beast1:[url]http://beast.bio.ed.ac.uk/[/url]
BEAST2: BEAST Workshop in Applied Phylogenetics
PAML: Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)
MEGA: MEGA :: Molecular Evolutionary Genetics Analysis
PHYML: ATGC PhyML
Jmodeltest:[url]http://www.molecularevolution.org/software/phylogenetics/jmodeltest[/url]
RDP: [url]http://web.cbio.uct.ac.za/~darren/rdp.html[/url]
Dnasp:[url]http://www.ub.edu/dnasp/[/url]

在云平台虚拟机12核32G内存,这些软件并没有提高运算效率
相反的,效率低于PC。目前正申请HPC中,,,
进化是生命的秘密
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4#

今后没打算把Gamess也加到平台软件里去吗?

量子化学计算软件似乎不多啊。。。
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请问中心主任卢主任如何联系,我想报今年的国家自然与广东省联合基金项目,要咨询一下
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